L’edificio fu eretto alla fine del IV secolo, per volere del primo vescovo di Como, San Felice. Attorno a questa chiesa nacque la prima comunità cristiana di Como. Verso il 724, Liutprando, re dei Longobardi, commissionò un ampliamento dell'edificio paleocristiano. Dopo l'anno mille, la Basilica di San Carpoforo venne trasformata con l’aggiunta del campanile e la costruzione di un monastero affidato prima ai monaci benedettini poi ai seguaci di san Girolamo. Nel 1772, ai tempi di Giuseppe II, il monastero venne soppresso e la Basilica trasformata in parrocchia dell'allora comune di Camerlata.
Apertura solo in occasione di visite guidate
